La basilica è a tre navate divisa da pilastri, con transetto ed abside sopraelevati, al di sotto dei quali si estende la cripta in stile romanico dell’XI secolo, articolata in 34 campate coperte da volte a crociera impostate su 24 colonne.
Inoltre la cripta presenta una pianta divisa in nove navatelle: uno degli esempi più caratteristici ed importanti di cripte romaniche in Italia. Le decorazioni dei capitelli conservano ancora la barbara espressività tipica dell’arte romanica e sono dominate da figure zoomorfe che si alternano con grandi varietà di soggetti e forme: uccelli, composizioni vegetali, teste d’ariete e volti umani.
il contrasto dei materiali impiegati (tufo e pietra dura) le proporzioni non sempre costanti tra volte e colonne, suggeriscono l’ipotesi di una costruzione protrattasi nel tempo (X – XII).
Al lato della scalinata di accesso, sono visibili resti di affreschi del XII-XV 
secolo. Sono riconoscibili: una Natività e le figure di S. Caterina di Alessandria e S. Michele Arcangelo.